"Age of Empires 3" - стратегия в реальном времени, события которой разворачиваются в 1565 году. Вы возьмете под управление героя по имени Морган Блэк, члена Мальтийского ордена. Его задача - защитить цитадель от Османской империи под командованием Сахина.

В процессе сражения Морган находит писание "Круг Оссуса", указывающее на Лунное озеро. Герой отправляется в Новый Свет, чтобы найти это легендарное место, сталкиваясь по пути с пиратами Элизабет Рамси и попав на полуостров Юкатан.

Сюжет "Эпохи империй III" разделен на 3 акта: "Кровь", "Лед" и "Сталь". В каждом эпизоде герой встречает различных персонажей и участвует в войнах на уникальных территориях. Морган пройдет Семилетнюю войну, встретится с Джорджем Вашингтоном, столкнется с мексиканцами и увидит открытие компании Фалькон.

В игре участвуют различные державы: Великобритания, Пруссия, Голландия, Испания, Португалия, Российская империя, Османцы и Франция, каждая с уникальным лидером и способностями. К основной игре добавлены два обширных дополнения: "The WarChiefs" и "The Asian Dynasties", в которых представлены новые нации и юниты.