В игре Sid Meier's Civilization 2 игрокам предоставляется уникальная возможность стать искусственным божеством, наблюдающим за развитием человеческой цивилизации. Под их руководством человечество пройдёт путь от доисторических времён до современности и даже дальше, сталкиваясь с множеством случайных сценариев. Смогут ли народы договориться и избежать войн, или их ждут долгие конфликты? Сюжет игры формируется в зависимости от решений и действий игрока, что делает каждую партию уникальной.
Цивилизация в игре ведёт себя непредсказуемо, следуя своим инстинктам и стремясь к доминированию, сначала в физическом, а затем и в политическом плане. Если в первой части акцент делался на военную мощь, то во второй части разработчики значительно улучшили аспекты дипломатии и демократии.
В игре представлены различные советники, каждый из которых занимает свою нишу: Военный советник отвечает за конфликты и территориальные завоевания, улучшая военную мощь государства. Финансовый советник следит за экономикой, предоставляет советы по торговле и находит пути для максимизации прибыли даже в сложных обстоятельствах. Научный советник ведёт к техническому прогрессу и стремится к освоению космоса. Международный советник анализирует политическую ситуацию и отношения между государствами, предсказывая возможные конфликты. Культурный советник сосредоточен на искусстве и образовании, полагая, что это ключ к развитию цивилизации.
После достижения 2020 года или переселения в другие звездные системы, игроки смогут перейти в бесконечный режим, позволяющий развивать свою цивилизацию на протяжении тысячелетий. Это даёт возможность наблюдать за судьбой человечества и его выживанием, ведь наличие ядерного оружия может стать как инструментом устрашения, так и катастрофой, способной обернуться против самих людей.