В игре Star Clicker Odyssey игрок становится командующим флотом, призванным защитить Землю от угроз, исходящих из галактики. Основной игровой процесс включает сражения с волнами врагов, каждая из которых имеет уникальное построение. Игрок может активно участвовать в боях или позволить игре продвигаться самостоятельно, что обеспечивает постоянный прогресс даже при отсутствии активного участия.
Игроку предстоит создавать и улучшать свой флот, имея в распоряжении более 200 различных моделей космических кораблей. Основная сюжетная линия охватывает путешествия в пространстве и времени внутри особого пузыря, который способствует научным открытиям и позволяет сражаться с более развитыми цивилизациями. Для достижения успеха необходимо перемещаться через черные дыры, что нарушает привычные законы физики, и повторять циклы для уничтожения всех противников в регионе.
Эта механика игрового процесса дает возможность стратегически накапливать ресурсы и укреплять боевую мощь через повторные попытки. Кроме того, в игре предусмотрен режим наблюдателя, который позволяет игрокам наблюдать за автоматическими сражениями между флотами. Уникальная функция рабочего стола позволяет кораблям игрока «летать» по экрану, даже когда открыты другие программы. Для новичков предусмотрен голографический проектор, который вызывает виртуального помощника, предоставляющего обучающие материалы и полезные советы.