Сюжет шутера от первого лица разворачивается вокруг известного персонажа из серии Tom Clancy's Splinter Cell — агента Сэма Фишера. Он является специалистом по стелсу, выполняющим сложные задания и устраняющим врагов с максимальной осторожностью. Игровые события затрагивают конфликт, не имеющий отношения к американским интересам, где главная цель Фишера — спасти программиста Брюса Моргенхольта, который ранее работал над секретными алгоритмами для ведения информационной войны. В то время как Китай и Северная Корея готовят почву для разжигания информационного противостояния с Японией, последняя нарушает свою конституцию, создавая предпосылки для потенциального конфликта.
Фишер должен выкрасть Брюса из Перу, и во время первой миссии игрок узнает о причинах его похищения и о том, как террористическая организация Дисплейс Интернешнл задействовала Ласерду для этой цели. Американские власти подозревают, что недавняя информационная атака, парализовавшая электроснабжение в Японии и на восточном побережье США, является делом рук Китая и Северной Кореи, но только Сэм сможет раскрыть истинные мотивы.
В ходе сюжетной кампании игрока ждут путешествия по различным странам, таким как США, Китай, Япония, Панама, а также Северная и Южная Корея. В каждой локации Сэму придется столкнуться с противниками, которые мешают усилиям Третьего Эшелона по контролю над ситуацией в мире. Игровой арсенал остался прежним, включая элементы акробатики и скрытности — Фишер может карабкаться по стенам, использовать вентиляционные шахты и устранять врагов незаметно. В то же время механика перестрелок стала более динамичной и яркой. Учитывая, что игра акцентирует внимание на стелсе, чем меньше открытых убийств совершит игрок, тем выше его награды и улучшения навыков.